1917年（）任北京大学校长，提出“思想自由，兼容并包”的办学方针。

蔡元培提出的兼容并包并不等同于无所不包。蔡元培认为：“无论为何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之命运者，虽彼此相反，而悉听其自由发展。”这句话既反映了兼容并包的内涵，又暗示了兼容并包的条件——言之成理，持之有故，不达自然淘汰之命运。 因此言之无理，持之无故，已达自然淘汰之命运的思想观点在北京大学也是不被接受的。 因此，“思想自由，兼容并包”并不是无所不包。

蔡元培是中国新文化运动的代表人物，是中国民主革命家和教育家。在五四时期，他接管了当时学风低下、自由散漫的北京大学，以“思想自由，兼容并包”为指导思想对北京大学进行改革，采取了一系列行之有效的方法和措施，使得北京大学的面貌焕然一新。(1)“思想自由，兼容并包”的办学理念。“思想自由，兼容并包”指的是蔡元培在北京大学内，允许各种学派自由发展，采取“学诣”第一的原则，只要这些思想言之有理，尚未达到自然淘汰的命运，就应该让这些思想自由发展。其实这是为新思想、新文化争取地位。这一办学理念反映了蔡元培的资产阶级民主主义思想，在当时具有冲破封建专制思想的作用，是积极、进步的。在这个原则下，他对北京大学进行改造。(2)改革北大的具体措施。①抱定宗旨、改变校风。这是蔡元培改革北大的第一步。他认为，大学应该成为“研究高尚学问之地”，但是当时的北京大学，学生对研究学问没有兴趣，读书只为做官，因此，蔡元培改革北大的第一步就是明确大学宗旨，并为师生创造研究高深学问的条件和氛围。第一，改变学生的观念。蔡元培对学生提出了三点要求：一是抱定宗旨；二是砥砺德行；三是敬爱师长。并将“抱定宗旨”置于首位，要求学生从此以后抱定为求学而来的宗旨，并强调对学生人格的培养。第二，整顿教师队伍，延聘积学热心的教员。蔡元培在教师聘任上采取“学诣”第一的原则，对于具有真才实学，教学热心，有研究学问的兴趣和能力的学者，不论其国籍、资格、年龄、思想倾向如何，都加以聘任。第三，发展研究所，广积图书，引导师生研究兴趣。蔡元培认为大学不仅是传授知识的机关，而且是要创新知识，推动学术进步的场所。据此，他在国内大学中率先设立了各科研究所，并注意丰富图书馆藏书，为学术研究创造条件。第四，砥砺德行，培养正当兴趣。蔡元培努力在师生中提倡道德修养。要求学生砥砺德行，敬爱师长，并成立了各种学生组织以培养学生兴趣。对于私生活糜烂，甚至于引诱学生与之堕落的教师则予以坚决解聘。②贯彻“思想自由，兼容并包”办学原则。这一原则主要体现在对教师的聘任上，蔡元培以“学诣为主”，罗致学术人才，使北大教师队伍一时出现流派纷呈的局面。这一思想体现了蔡元培的资产阶级民主主义的思想，在当时具有冲破封建专制思想的作用，是积极进步的。③教授治校，民主管理。为了贯彻落实“教授治校，民主管理”的原则，蔡元培主要在北大建立了全校最高立法和权力机构、全校最高行政执行机构、全校教务传导机构等。把治理大学的任务交给了教育家。④学科与教学体制改革。在学科与教学体制改革上，蔡元培采取了以下措施：扩充文理，改变“轻学而重术”的思想；沟通文理，废科设系；改年级制为选科制（学分制）。(3)蔡元培改革北大的教育启示。①大学应当以研究学问作为第一要义。大学不是灌输知识的场所，教师与学生都应当热爱学问，培养自己的学者风范。②大学以引领社会、服务社会为职责，应当担当起带领社会风气的责任，作为高级知识分子聚集的地方，大学代表一个社会最高层次的群体的精神面貌，也是一个国家精神面貌的标志，应当以强烈的责任心来维持这种好的精神状态。③大学教育的目的是育人而非制器。教育要以养成学生的健全人格为宗旨。教育要帮助学生发展能力、完善人格，同时也兼顾学生的技能和道德的教育。④大学的管理者、办学者，应当好好审视大学的意义、角色，做好正确的定位，只有把握好大学应有的特点，应做的事，才能真正把教育办好，把学校办活。