下列情形中，税务机关有权依法直接核定纳税人的应纳税额的有( )。A．甲公司擅自销毁账簿、拒不提供纳税资料B．乙公司申报的计税依据明显偏低，又无正当理由C．丙公司设置了账簿，但账目混乱，凭证不全，难以查账D．丁公司未按规定期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报后才申报

有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：①依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的；②依照法律、行政法规的规定应当设置账簿但未设置的；③擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；④虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不金，难以查账的；⑤发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍未申报的；⑥纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的；⑦未按照规定办理税务登记的从事生产、经营的纳税人以及临时经营的纳税人。

根据《税收征收管理法》第35条的规定：“纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：（一）依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的；（二）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；（三）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；（四）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的；（五）发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；（六）纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。”由此可知，本题答案为ABC。