不能通过垂直传播的病原体为A.人类免疫缺陷病毒（HIV）B.乙型肝炎病毒（HBV）C.梅毒螺旋体D.流行性乙型脑炎病毒E.风疹病毒

本题属于基本知识题、难度适中。要求考生掌握流行性乙型脑炎病毒等主要病原体的传播途径。垂直传播有别于一般水平传播，为经母体的胎盘或围生期经产道等将病原体传染给胎儿或新生儿，称为先天性感染。能通过垂直传播的病原体有人类免疫缺陷病毒、乙型肝炎病毒、风疹病毒，以及梅毒螺旋体等。流行性乙型脑炎病毒属于黄病毒属病毒，只能经虫媒传播，属于水平传播的病毒。

垂直传播指病原体从宿主的亲代向子代的传播方式，已知有十多种病毒可引起垂直感染，其中以艾滋病病毒(HIV)、乙型肝炎病毒(HBV)和风疹病毒为多见。梅毒螺旋体可从母体通过胎盘传染给胎儿，引起先天性梅毒。所以不能通过垂直传播的病原体为流行性乙型脑炎病毒。D选项正符合题意，其他选项均不符合题意，故本题选D。