根据行政诉讼法及相关规定，有管辖权的基层人民法院由于特殊原因不能行使管辖权的，由谁指定管辖?A.同级人民检察院B.上级人民检察院C.所在地人民政府D.上级人民法院

指定管辖即对某一行政复议案件，上级行政机关或同级人民政府指定某一行政机关管辖。指定管辖可以基于下列情况发生：①有管辖权的行政机关由于特殊原因不能行使管辖权，或行使管辖权确有困难；②行政复议机关因复议案件管辖权发生争议，争议双方协商达不成协议；③由于法律、法规规定较为笼统、模糊，从而产生行政复议案件管辖权不明确的情况。

解析指定管辖是指上级人民法院用裁定的方式将某一案件交由某一个下级人民法院管辖。《民事诉讼法》第37条规定：有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。移送管辖是指某一人民法院受理民事案件后，发现自己对该案没有管辖权，将案件移送给有管辖权的人民法院受理。受移送的人民法院认为受移送的案件依照规定不属于本院管辖，应当报请上级人民法院指定管辖，不得再自行移送。

故正确答案为B。

本题考核的是指定管辖。有管辖权的人民法院由于特殊原因，不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。