牙本质中含量最多的是A、牙本质磷蛋白B、糖蛋白C、糖胺聚糖D、蛋白聚糖E、胶原蛋白

牙本质有机物中胶原蛋白约占18%，为所有有机物的85%～90%。主要为Ⅰ型胶原，还有少量Ⅴ型和Ⅵ型胶原。在发育中的前期牙本质中可见Ⅲ型胶原。牙本质中非胶原大分子物质有几大类：磷蛋白、含γ羧基谷氨酸蛋白（Gla），混合性酸性糖蛋白、生长因子、血清源性蛋白、脂类和蛋白多糖。除胶原蛋白外，其他有机物含量较少。