在下列哪些情况下，税务机关不能直接核定纳税人的应纳税额？（ ）A．甲公司擅自销毁账簿、拒不提供纳税资料B．乙公司申报的计税依据明显偏低，又无正当理由C．丙公司设置了账簿，但账目混乱，凭证不全，难以查账D．丁公司未按规定期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报后才申报

。《税收征收管理法》第35条规定：“纳税 人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：
(一）依照法律、行政法规的规定可以不设置帐薄的；(二）依照法律、行政法规的规定应当设置帐簿但未设 置的；（三）擅自销毁帐簿或者拒不提供纳税资料的； (四）虽设置帐簿，但帐目混乱或者成本资料、收入凭 证、费用凭证残缺不全，难以查帐的；（五）发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令 限期申报，逾期仍不申报的；（六）纳税人申报的计税 依据明显偏低，又无正当理由的。税务机关核定应纳 税额的具体程序和方法由国务院税务主管部门规 定。"由上述法条可知，A、B、C选项正确。
D选项中，因为丁公司未按规定期限办理纳税申 报,经税务机关责令限期申报后最终申报了，只有逾期 仍不申报的才属于税务机关有权直接核定应纳税额的 情形。

有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：①依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的；②依照法律、行政法规的规定应当设置账簿但未设置的；③擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；④虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不金，难以查账的；⑤发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍未申报的；⑥纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的；⑦未按照规定办理税务登记的从事生产、经营的纳税人以及临时经营的纳税人。

考查核定纳税额的情形。法律依据为《税收征收管理法》第35条规定：纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：（1）依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的；（2）依照法律、行政法规的规定应当设置账簿但未设置的；（3）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；（4）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的：（5）发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；（6）纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。税务机关核定应纳税额的具体程序和方法由国务院税务主管部门规定。由上述法条可知ABC选项正确。D选项中，因为丁公司未按规定期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报后最终申报了，就不需要税务机关核定应纳税额。只有逾期仍不申报的才属于税务机关有权直接核定应纳税额的情形。

根据《税收征收管理法》第35条的规定：“纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：（一）依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的；（二）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；（三）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；（四）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的；（五）发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；（六）纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。”由此可知，本题答案为ABC。