人民检察院审查起诉期间，发现证据不足的时候，下列不正确的做法是（ ）A．退回公安机关补充侦查B．人民检察院决定自行侦查C．补充侦查一次以后证据仍然不足，作出不起诉决定D．补充侦查三次以后证据仍然不足，作出不起诉决定

本题考查审查起诉中公安机关提供证据的问题。《刑事诉讼法》第175条第4款规定，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。因此正确答案为C。

【考点】期间的重新计算。详解：期间的重新计算，是指由于出现了某种法定情形，使已进行的期间归于无效，不再计入期间以内，而应当从法定情形出现之时起重新计算期间。根据《刑事诉讼法》第158条的规定，在侦查期间，发现犯罪嫌疑人另有重要罪行的，自发现之日起重新计算侦查羁押期限。可见，A项正确。根据《刑事诉讼法》第171条的规定，补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。可见，B项正确。《刑事诉讼法》第169条第2款规定：人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。可见，C项正确。《刑事诉讼法》第202条第2款规定：人民法院改变管辖的案件，从改变后的人民法院收到案件之日起计算审理期限。可见，D项正确，故本题应全选。

。本题考查审查起诉中公安机关提供证据的问题。《刑事诉讼法》第171条第4款规定：“对于二次补充侦査的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。”因此，正确答案为C。

【考点】起诉中的新情况。详解：《人民检察院刑事诉讼规则（试行）》第391条规定，人民检察院在办理公安机关移送起诉的案件中，发现遗漏罪行或者依法应当移送审查起诉同案犯罪嫌疑人的，应当要求公安机关补充移送审查起诉；对于犯罪事实清楚，证据确实、充分的，人民检察院也可以直接提起公诉，所以AC选项正确。第392条规定，人民检察院在办理公安机关移送起诉的案件中，发现依法应当移送审查起诉同案犯罪嫌疑人的，应当要求公安机关补充移送审查起诉；对于犯罪事实清楚，证据确实、充分的，人民检察院也可以直接提起公诉，所以B选项正确。同时根据刑诉法的规定，人民检察院发现移送审查起诉的案件不属于本院管辖的，应当直接移交给有管辖权的人民检察院，所以D项错误。