通过抑制疟原虫的二氢叶酸还原酶，阻碍核酸合成的药物是A、伯氨喹B、奎宁C、乙胺嘧啶D、青蒿素E、双氢青蒿素

乙胺嘧啶：抑制疟原虫的二氢叶酸还原酶，影响疟原虫叶酸代谢过程，阻碍疟原虫的核酸合成，导致疟原虫的生长繁殖受到抑制。

乙胺嘧啶通过抑制疟原虫体内的二氢叶酸还原酶，进而影响疟原虫叶酸代谢过程，阻碍疟原虫的核酸合成，导致疟原虫的生长繁殖受到抑制。故本题选E。

考查抗疟药的作用机制。青蒿素通过产生自由基，破坏疟原虫的生物膜、蛋白质等，最终导致虫体死亡；乙胺嘧啶抑制疟原虫二氢叶酸还原酶，阻止核酸合成。

本题考查乙胺嘧啶作用机制。乙胺嘧啶通过抑制疟原虫的二氢叶酸还原酶，影响疟原虫叶酸代谢过程，阻碍疟原虫的核酸合成。故答案选E。

A.氯喹抗疟作用机制如下：①插入疟原虫DNA双螺旋结构中，形成稳固的DNA-氯喹复合物，影响DNA复制和RNA转录，并使DNA断裂，从而抑制疟原虫的分裂繁殖；②氯喹为弱碱性药物，能升高食物泡内pH，形成对蛋白酶不利的环境，降低蛋白酶的活性，从而减弱疟原虫利用宿主血红蛋白的功能，导致必需氨基酸缺乏，也可干扰疟原虫的繁殖。
B.奎宁：可杀灭各种疟原虫红内期裂殖体，抗疟活性弱于氯喹。对各种疟原虫的红细胞内期滋养体有杀灭作用，更适用于脑型恶性疟
C. 磺胺嘧啶：磺胺药与对氨基苯甲酸(PABA)结构相似，与PABA竞争二氢叶酸合成酶，抑制二氢叶酸合成，从而使细菌不能合成四氢叶酸及DNA，抑制细菌繁殖。
D. 甲氧苄啶：抗菌作用机制是抑制细菌二氢叶酸还原酶，使二氢叶酸不能还原成四氢叶酸，因而阻止细菌核酸合成。甲氧苄啶与磺胺类合用，可双重阻断四氢叶酸合成。

E.乙胺嘧啶：二氢叶酸还原酶抑制药，阻止二氢叶酸转变为四氢叶酸，阻碍核酸合成，抑制疟原虫繁殖。